Yukon wurde 1891 von den Spencer Brothers gegründet und liegt am ehemaligen Chisholm Trail, der einst die Weiden Texas mit dem Verladebahnhof in Abilene, Kansas verband. Der Ort wurde nach dem gleichnamigen kanadischen Territorium benannt, wo zur Zeit der Ortgründung der Goldrausch in vollen Zügen war.

1949 errang der Ort großes Medieninteresse, nachdem sich die Kuh Grady in einem Silo selbst eingefangen hatte und durch die schmale Tür nicht mehr herauskam. Die Tür erweitern ging nicht, da das Silo aus Stahl war und zum Umreißen war es zu wertvoll. Letztendlich wurde die Tür mit Ölen präpariert und die Kuh herausgezogen.

Heute ist Yukon vor allem eine Wohnstadt, von wo aus es sich bequem nach Oklahoma City pendeln lässt.