Hackberrys Ursprung geht auf Eisenerz- und Silberfunde in 1874 zurück. Ein Zürgelbaum (engl Hackberry) am Eingang der Mine auf der Ostseite der Peacock Mountains gab der Siedlung ihren Namen. 1882 kam die Eisenbahn hierher und man zog mit der Siedlung näher an die Gleise heran. Ein großer Umschlagpunkt für Bergbau- und landwirtschaftliche Produkte entstand.
1919 schloss die Silbermine und der Ort erfuhr mit Eröffnung der Route 66 eine Renaissance, bis die Interstate I-40 gebaut wurde. Sie verbindet Kingman und Seligman auf einer geraderen Streckenführung, die rund 16 Meilen entfernt an Hackberry vorbei führt. Die aus der Stadt zur Autobahn führend Hackberry Rd bekam nicht einmal eine Ausfahrt.
1978 schloss der letzte Supermarkt mit angeschlossener Conoco Tankstelle. Hackberry wurde zur Geisterstadt. 1992 wurde der General Store von Bob Waldmire als Souvenirshop und Visitor Center wiedereröffnet und 1998 an John & Kerry Pritchard verkauft.
Am ersten Wochenende im Mai findet der Route 66 Fun Run statt, wo hunderte alte bis moderne Fahrzeuge die Route 66 unter die Räder nehmen. Hackberry ist einer der offiziellen Pausenstellen.