Flagstaff wurde 1876 gegründet und bedeutet übersetzt soviel wie Fahnenmast. Die genaue Herkunft wird auf verschiedene Weisen gedeutet, aber alle Geschichten drehen sich um ein zentrales Element: Eine alleinstehende, von ihren Ästen befreite Fichte wurde als Fahnenmast benutzt. Manche sagen, eine Gruppe von Siedlern hätte hier am Jahrestag der Unabhängigkeit die amerikanische Flagge gehisst, andere sprechen von der Markierung eines Handelsweges.

1881 kam die Eisenbahn durch die kleine Stadt und mit ihr der Aufschwung. 1899 wurde die University of Northern Arizona eröffnet und Flagstaff damit zur inoffiziellen Hauptstadt des Nordens von Arizona.

Nicht erst die Route 66 brachte die Touristen in die Stadt. Seit Beginn des 20. Jahrhunderts waren die Flagstaff umgebenden 7 Naturwunder Grand Canyon, Oak Creek Canyon, Walnut Canyon, Wupatki National Monument, Sunset Crater National Monument und die San Francisco Peaks im ganzen Land bekannt, was der Stadt den Spitzname "City of 7 Wonders" einbrachte.
Auch nach Einstellung der Route 66 kamen weiterhin die Touristen in die Stadt. Im Sommer die Grand Canyon Besucher, im Winter zahlreiche Skifahrer, die die Pisten in den San Francisco Peak herunterwedeln, wo auch der höchste Berg Arizonas zu finden ist: Humphreys Peak mit 3851m.